在税务稽查机关稽查纳税人“两虚”增值税发票的常用方法是：一是稽查增值税专用发票是否符合“三流统一或四流统一”；二是稽查纳税人获得的增值税专用发票是否存在依照税法规定不能抵扣而进行了抵扣的情形。

　　（一）稽查虚开增值税专用发票的关键方法：稽查是否符合三流（四流）一致

　　1、不属于虚开增值税专用发票的关键条件：三流（四流）一致

　　所谓的“三流一致”是指资金流（银行的收付款凭证）、票流（发票的开票人和收票人）和物流（劳务流）相互统一，具体而言是指不仅收款方、开票方和货物或劳务销售方必须是同一个经济民事主体，而且付款方、货物或劳务采购方必须是同一个经济民事主体。要杜绝虚开发票的行为，必须保证有真实交易情况下的资金流、物流（劳务流）和票流的三流一致。

　　根据《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第39号）的规定，对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票。

　　（1)纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；

　　(2)纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；

　　(3)纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。

　　基于以上税收政策规定，第一条的内涵是，物流（劳务流）；第二条的内涵是，资金流；第三条的内涵是，票流。综合起来，根据国家税务总局2014公告年第39号的规定，如果一项销售货物、销售劳务行为同时满足，货物或应税服务销售方、增值税专用发票的开具方、款项的收款方是同一民事主体，或者说是，满足“劳务流（物流）、资金流和票流”等“三流一致”或满足“合同流、劳务流（物流）、资金流和票流”等“四流一致”（因为物流或劳务流中隐含了合同流）的采购行为，不属于对外虚开增值税专用发票的行为，否则是虚开增值税专用发票的行为。

　　2、虚开增值税发票与四流（三流）一致的内在关系

　　根据以上政策分析可知，开具增值税专用发票必须坚持“三流或四流一致”的原则。虚开增值税专用发票与“三流或四流一致”的关系体现为如下：

　　第一，虚开的增值税专用发票一定不符合“三流或四流一致”；

　　第二，符合“三流或四流一致”的增值税专用发票一定可以抵扣增值税进项税额；

　　第三，形式上不符合“三流或四流一致”的增值税专用发票不一定不可以抵扣增值税进项税额。在符合一定的法定条件的情况下，可以抵扣增值税进项税额。

　　3、不符合“三流（四流）一致”的增值税专用发票并非不可以抵扣增值税进项税额

　　在实践中存在三种不符合“三流或四流统一”的增值税专用发票开具情况：

　　一是存在委托第三方付款的情况，导致了资金流与票流、物流(或劳务流）不一致。

　　二是存在贸易商委托与其有长期合作供应关系的生产厂家直接发货给其客户（购买方），导致物流与资金流与票流不一致。

　　三是委托代购行为中，受托方替委托方向供应商支付采购款或垫采购款的行为，导致资金流与票流和物流的不一致。

　　针对以上三种不符合“三流（四流）统一”的增值税专用发票能否抵扣增值税进项税额，必须根据以下情况分类判断。

　　第一种判断标准：当出现第一种不符合“三流或四流一致”的增值税专用发票的情况，只要委托方与受托方之间符合一定的条件（该条件是委托方与受托方之间构成债权债务关系），可以通过三方委托付款或收款协议，在该协议下，这种不符合“三流或四流一致”的增值税专用发票，形式上不符合“三流或四流一致”，实质上是符合“三流或四流一致”的增值税专用发票，不是虚开增值税的行为，可以抵扣增值税进项税额。

　　第二种判断标准：当出现第二种不符合“三流或四流一致”的增值税专用发票的情况，同时符合以下两个条件的增值专用发票可以抵扣增值税进项税额：

　　（1）在贸易商与其客户（采购方）签订的销售合同中约定“发货人条款”。该条款特别约定：发往采购方（贸易商的客户）货物的发货方是与贸易商签订采购合同的销售方。

　　（2）在贸易商与销售方签订采购合同中约定“收货人条款”。该条款约定：贸易商是收货方，代收货方是与贸易商签订采购合同的采购方（贸易商的客户），同时约定“收货地点”是与贸易商签订采购合同的采购方（贸易商的客户）指定的地点。

　　第三种判断标准：当出现第三种不符合“三流或四流一致”的增值税专用发票的情况，不影响受托方从销售方获得的增值税专用发票抵扣增值税进项税额。

　　《财政部国家税务总局关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（财税【1994】26号）第五条规定：“代购货物行为，凡同时具备以下条件的，不征收增值税；不同时具备以下条件的，无论会计制度规定如何核算，均征收增值税。

　　（1）受托方不垫付资金；

　　（2）销货方将发票开具给委托方，并由受托方将该项发票转交给委托方；

　　（3）受托方按销售方实际收取的销售额和增值税额（如系代理进口货物则为海关代征的增值税额）与委托方结算货款，并另外收取手续费。”

　　例如，客户向甲4S店订购一台车辆价款21万元，该店无现车，答应可从乙4S店调剂，客户交纳定金1万元，甲4S店将车款21万元垫付给乙4S店，几天后车到甲4S店，发票由乙4S店直接开具给客户，客户将余款20万元，交给了甲4S店提车。甲4S店不符合“受托方不垫付资金”，须按自销交纳增值税2.42万元（21÷1.13×0.13）。

　　基于以上政策规定，有真实的交易行为，票、款和物（货物名称、金额、数量均与实际交货一致）一致的代购行为中开具的增值税发票不构成虚开增值税发票罪。

　　（二）税务稽查机关稽查虚抵增值税发票的关键方法

　　虚抵增值税进项税额的增值税专用发票不一定是虚开的增值税发票。实践中存在很多纳税人获得的增值税专用发票不是虚开的，但是由于该增值税专用发票不符合国家行政法规和国家税务主管部门规定抵扣条件，不能抵扣增值税进项税额可是已经抵扣了的情况。税务稽查实践中，税务机关稽查虚抵增值税发票的关键方法如下。

　　1、稽查受票方是否抵扣了开票方开票系统已作废增值税专用发票的增值税进项税

　　货物、劳务和应税服务的销售方向一般纳税人的采购方已经开具了增值税专用发票，该增值税专用发票已经在采购方进行了认证抵扣，可是由于销售方的开票人员操作不当将该开出的增值税专用发票在开票系统中进行了作废处理，而获得该增值税专用发票的采购方按照税法的规定是不能抵扣该作废发票的增值税进项税额。

　　2、稽查受票方是否存在依照税法规定不能抵扣增值税进项税的增值税专用发票进行了抵扣的情形

　　在税务稽查实践中，税务稽查机关经常会关注以下5种依照税法规定不能抵扣增值税进项税额的增值税专用发票。

　　（1）将没有供应商开具盖有发票专用章的销售清单，而开具“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的增值税专用发票抵扣了进项税金。

　　根据国税发[2006]156号第十二条的规定，一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者发票专用章。因此，没有供应商开具销售清单的开具“材料一批、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票”，不可以抵扣进项税金。

　　（2）将用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额从销项税额中进行了抵扣。

　　根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十六条第（一）项的规定，用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得从销项税额中抵扣。基于此规定，将用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得从销项税额中进行了抵扣。

　　（3）建筑企业和房地产公司将营改增前发生的采购行为等到营改增后获得供应商开具的增值税转用发票进行了抵扣。

　　第一、营改增前（2016年4月30 日前）采购的建筑施工材料已经用于工程施工项目，但是拖欠材料供应商的采购款，营改增后（2016年5月1日）才支付拖欠材料供应商的材料款而收到供应商开具的增值税专用发票，无论建筑企业选择简易计税方法还是一般计税方法计征增值税，依据税法规定则不可以抵扣增值税的进项税;

　　第二、营改增前购买的建筑机械设备、办公用品和其他存量资产，但未收到以上资产供应商开具的增值税普通发票，营改增后才收到以上资产供应商开具的增值税专用发票，如果建筑企业选择简易计税方法计算增值税，则不可以抵扣增值税的进项税;如果建筑企业选择一般计税方法计算增值税,则不可以抵扣增值税的进项税。

　　第三、营改增前的老项目在营改增后继续进行施工的情况下，由于建筑施工企业根据税法规定选择了简易征税计税方法，所以老项目在营改增后所发生的增值税进项税不可以在新项目发生的增值税销项税中进行抵扣。

　　（4）将业务招待费用中不可以抵扣增值税进项税的住宿费用和餐饮费用进行了抵扣。

　　根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条第（六）项的规定，购进的餐饮服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。同时，根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十六条第（一）项的规定，用于个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得从销项税额中抵扣，其中个人消费包括交际应酬费用。基于以上税收政策规定，企业招待客户所发生的住所费用是个人销费支出，也是交际应酬支出，不可以抵扣增值税进项税额。

　　（5）在发生销售退回时，未按规定开具红字专用发票，实行对开发票进行抵扣增值税进项税。

　　所谓的“对开发票”指的是销售方销售出去的货物因各种原因发生销售退回，依照税法规定应开具红字发票，但销售方让购货方向其开具一份正数的销售发票，将退货看作是对销货方的一种重新销售开票的行为。依照《增值税暂行条例实施细则》第十一条的规定，一般纳税人销售货物或者应税劳务，开具增值税专用发票后，发生销售货物退回或者折让、开票有误等情形，应按国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票。未按规定开具红字增值税专用发票的，增值税额不得从销项税额中扣减。