在税务稽查案子中，经营者需在税务局下发《税务处理决定书》后，持处罚告知书到办税大厅缴付查补税款和滞纳金。预缴税款查补税款，即为指在案子立案检查之后、下发《处理决定书》之前，经营者主动通过税务稽查查补税款模块缴纳税款和滞纳金。针对预缴税款查补税款，我们可以从下面几个方面来了解一下。

　　遇到税务稽查，这样操作可以减少损失

　　1、预缴税款查补税款能够降低纳税人滞纳金损失。依据征收管理法相关规定，经营者从滞纳税款之日起开始计算，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金（年化为18.25%），如果经营者滞纳时间长或者滞纳税款金额大，滞纳金就会累积成很大的数字。税务稽查案子从立案、检查到审理结束，时间都较长，如果是复杂、重大案件，甚至会持续几年时间，而在此期间，税款的滞纳金并不会停止计算。如果经营者预缴税款查补税款的话，滞纳金的截止日期为预缴税款之日，滞纳金的计算时间缩短，能够为经营者降低一部分滞纳金损失。即使最终查补税款超过预缴税款，也只对差额部分加收滞纳金。

　　2、预缴税款查补税款可能会影响罚款的金额。部分案子可能会涉及到罚款问题，如经营者涉及偷税的，应当处以并处不缴或少缴税款的百分之五十以上五倍下面罚款，经营者主动预缴税款查补税款，则可能会影响罚款的幅度。税务局对税款和滞纳金没有自由裁量权，对罚款却有自由裁量的权力。依据《行政处罚法》第二十七条和《税务行政处罚裁量权行使规则》第十五条相关规定，主动消除或者减轻违法行为危害后果的，应当从轻或者减轻行政处罚。经营者在《税务行政处罚告知书》作出之前，主动向税务局缴纳税款、滞纳金，以消除或者减轻逃税行为对国家税收造成的损失，能够认定为符合从轻、减轻处罚的情节。预缴税款查补税款表达了被查方积极配合检查的态度，税务局在决定行政处罚幅度时，一般都会尽量从轻或者减轻处罚。

　　3、预缴税款查补税款不会影响案子的定性和纳税人权利。可能经营者会担心，预缴税款查补税款会不会让税务局认为自己已完全认可全部的违法事实，会不会形成对违法事实的一种自认？不会的。预缴税款查补税款只是缴纳税款的行为，并不构成经营者对自己违法行为的一种情况自认，预缴税款查补税款不会影响案子的最终定性。同时税务稽查的最终处理决定是依据检查过程中所取得的全部证据，以及法律法规等相关规定来定性的，预缴税款行为不会对最终处理决定结果形成影响。经营者在税务处罚告知书下发之后，仍然享有陈述申辩、听证、复议以及诉讼的权利，不会因预缴税款查补税款而受到影响。

　　4、预缴税款查补税款能够多次、分批缴付。在案子检查过程，税务局查处出的往往不止一个涉税问题，问题也不是同时查清，因此经营者针对稽查人员已经提出的违法事实无异议的，或者认为稽查人员对违法事实已经基本认定的，被查方能够依据情况，多次预缴税款，或者依据自身财务状况，分批预缴税款，以求尽量缩短滞纳时间，减少损失。

　　但需注意，预缴税款查补税款前应与稽查人员做好沟通交流，切忌自行申报纳税，否则会给双方带来麻烦。因为在金三系统中，正常申报和税务稽查查补属于不同模块，被查方应向稽查人员咨询后，通过税务稽查查补模块做好预缴税款，在处罚告知书作出后，再依据抵减预缴税款后的金额，来补缴税款和滞纳金。